En biología, los árboles filogenéticos representan la historia evolutiva y la diversificación de las especies: el «árbol genealógico» de la vida. Los árboles filogenéticos no solo describen la evolución de un grupo de organismos, sino que también pueden construirse a partir de los organismos dentro de un entorno o ecosistema particular, como el microbioma humano. De esta manera, pueden describir cómo evolucionó este ecosistema y cuáles podrían ser sus capacidades funcionales.