Los microorganismos que persisten en las profundidades del lecho marino durante millones de años continúan evolucionando a pesar de vivir al límite de energía para la vida.

En la superficie de la Tierra, donde abundan los nutrientes, las bacterias proliferan y evolucionan a un ritmo acelerado en comparación con las plantas y los animales. Las células se dividen rápidamente y las mutaciones aleatorias se acumulan a una velocidad correspondientemente alta. Dado que muchos de estos cambios genéticos alteran las propiedades de las células que los portan, sus efectos pronto se convierten en características fijas del genoma. Las bacterias también hacen uso de varios modos de intercambio genético, lo que permite la recombinación entre diversos genomas. Este proceso sirve para mitigar los efectos de las mutaciones deletéreas, al tiempo que permite que se propaguen las mutaciones favorables que confieren rasgos beneficiosos. Además, factores ambientales como la presencia de antibióticos ejercen presiones selectivas que contribuyen aún más a la evolución bacteriana.